Aljezur é uma terra de origens remotas, cuja antiguidade é atestada pelos muitos vestígios arqueológicos que têm sido encontrados.
O seu território é habitado desde os tempos pré – históricos.
Aljezur foi fundado no séc. X pelos árabes que aqui permaneceram durante cinco séculos até à conquista cristã e aqui deixaram importantes marcas tais como o castelo, a sua cisterna, a toponímia, como muitas lendas e histórias populares.
No século XIII, no reinado de D.Afonso III, Aljezur foi definitivamente tomada aos mouros por D.Paio Peres Correia.
Aljezur passa a ter foral a partir de 12 de Novembro de 1280, concedido pelo Rei D. Dinis.
Em 1 de Junho de 1504, D. Manuel reformou a Carta Diplomática de D. Dinis, concedendo à vila o título de “Nobre e Honrada”.
Em 1725 Aljezur foi profundamente devastada pelo terramoto sofrendo deste modo grandes danos.
O Bispo D. Francisco Gomes de Avelar mandou construir a Igreja da Nossa Sr.ª D’Alva em local fronteiro à vila para que os habitantes se transferissem para aquele local e para ali crescer um novo aglomerado populacional, passando a se chamar a Igreja Nova.